او سال ۱۳۴۷ وارد دانشکده هنرهای تزئینی وزارت فرهنگ و هنر سابق شد و همزمان در کارگاه نمایش رادیو و تلویزیون ملی دوره های اموزشی را گذراند. مشاور هنری وزارت آموزش و پرورش دولت موقت در اوایل سال ۵۸ نخستین سمت او به شمار می رود. پس از آغاز جنگ مسئولیت وزارت فرهنگ را در دولت شهید رجایی برعهده گرفت و پس از آن بود که با پذیرش مسئولیت در سینما، مدیریت این عرصه را برعهده گرفت.
کلهر نخستین مسئولیت خود در سازمان صداوسیما را هم در سال ۶۳ به عنوان مدیر مدرسه خبر و ادبیات تجربه کرد. در این در حالی بود که به تازگی کار او در سینما به پایان رسیده بود. او همچنین در سال ۶۵ رئیس مرکز موسیقی سازمان صدا وسیما شد و تا سال ۶۸ این مسئولیت را بر عهده داشت.
او از سال ۷۳ تا ۷۶ هم دوباره به مرکز موسیقی صدا و سیما آمد. کلهر همچنین عضویت در شورای عالی طرح و برنامه شورای سرپرستی و شورای عالی سیاست گذاری سازمان را هم در کارنامه دارد.
مهدی کلهر در سال ۱۳۸۴ در جریان انتخاباتی ریاست جمهوری دولت نهم به عنوان نماینده محمود احمدی نژاد در امور فرهنگی فعال بود و در دولت نهم به عنوان مشاور رسانه ای او مسئولیت داشت.